S cieľom účinne podporiť vykonávanie partnerskej dohody a operačných programov financovaných z EŠIF na roky 2014 – 2020 oddelenie vyhodnotí súlad so stratégiou Európa 2020 a stratégiou NPR a poskytne podporné dokumenty a odborné stanoviská pre predsedu Rady EŠIF (predsedu vlády) a tajomníka Rady pre európske záležitosti (ST pre európske záležitosti). Na dosiahnutie všetkých vymedzených cieľov a úloh bude predložený projekt (podporovaný cieľ) pokrývať najmä mzdové náklady na zamestnancov a iné súvisiace výdavky projektu.