Cieľom Pražského poukazu na inovatívne projekty je podpora medzisektorovej spolupráce výskumného a inovačného sektora. Konkrétnymi cieľmi projektu sú a) podpora prvej spolupráce konkrétnych dvoch partnerov; podporovať následnú spoluprácu predchádzajúcich spolupracujúcich partnerov. Cieľ sa dosiahne oznámením výziev na Pražský poukaz na inovatívne projekty, prostredníctvom ktorého žiadateľ poskytne podporu malým a stredným podnikom pri nákupe služieb od výskumných organizácií.