Programová oblasť Interreg Stredná Európa (CE) zahŕňa územie deviatich členských štátov EÚ, t. j. Rakúska, Chorvátska, Českej republiky, Maďarska, Poľska, Slovenska a Slovinska, ako aj časti Nemecka a Talianska. Tvorí 23 % územia EÚ a pokrýva krajiny z oboch strán bývalej „železnej opony“. Napriek výraznému pokroku sú hospodárske a sociálne rozdiely medzi „východnými“ a „západnými“ krajinami stále výrazné. Oblasť sa vyznačuje nerovnomerným rozdelením hospodárskej sily, ktoré je zakorenené v historickom, politickom a hospodárskom rozvoji (priepasť medzi východom a západom: riadenie hospodárstva v porovnaní s trhovým hospodárstvom), ako aj štrukturálne rozdiely medzi regiónmi (mestské a priemyselné oblasti v porovnaní s vidieckymi a okrajovými oblasťami). Výskum a vývoj (výskum a vývoj), ako aj investície, sú sústredené v niekoľkých, prevažne mestských rastových póloch vrátane aglomerácií hlavného mesta ako Varšava, Praha, Berlín, Viedeň a Budapešť. V dôsledku toho vidiecke a okrajové oblasti často vykazujú nižšiu konkurencieschopnosť v kombinácii s výrazným odtokom mozgov. Sociálne rozdiely v rámci Európy možno pozorovať najmä v rámci bývalej „železnej opony“ a východnej vonkajšej hranice EÚ. V nedávnej štúdii sa analyzovali hlavné výzvy pre región CE, ktoré boli identifikované ako: a) globalizácia, b) digitálne hospodárstvo, c) doprava a prístupnosť, d) energetika, e) obehové hospodárstvo/životné prostredie, f) zmena klímy, g) zamestnanosť a zručnosti, h) sociálne riziká, i) demografická zmena/migrácia a j) riadenie. V štúdii sa dospelo k záveru, že CE je funkčná oblasť a že táto funkcia nie je založená len na geografickej blízkosti krajín, ale aj na priestorových interakciách a prepojeniach v rámci rôznych odvetví, ako je ekonomika a podnikanie, správa atď. S týmto zameraním na funkčnú geografiu CE je projekt dobre zakotvený v kontexte európskej politiky vzhľadom na ciele európskeho regionálneho rozvoja a politiky súdržnosti na nadchádzajúce obdobie financovania 2021 – 2027. V návrhu nariadenia o Európskej územnej spolupráci sa zavádza pojem funkčné oblasti, preto sa metodika a prístup testovaný CE-FLOWS v oblasti CE môže uplatniť pri analýze funkčných vzťahov v iných nadnárodných oblastiach programu Interreg mimo štyroch oblastí makroregionálnej stratégie (napr. juhozápadná Európa, severozápadná Európa, Stredozemie, región Severného mora). Okrem toho sa metodika vypracovaná v CE-FLOWS môže uplatňovať v menšom rozsahu, ako je nadnárodná, t. j. na zachytávanie dynamiky a tokov na cezhraničnej úrovni. Analýza v rámci CE-FLOWS zohľadňuje aj komplementárnosť a synergie s inými nástrojmi a politikami EÚ vrátane makroregionálnych stratégií. Lepšie pochopenie tokov a vzájomných závislostí v rámci CE umožní zvýšiť vplyv iných politických nástrojov EÚ lepšou koordináciou a zhodnocovaním synergií, ako aj posilniť prepojenia CE s inými priľahlými funkčnými oblasťami. Tým sa ďalej posilní spolupráca medzi zainteresovanými stranami a územiami, čo povedie nielen k účinnému integrovanému územnému rozvoju funkčnej oblasti CE, ale vzhľadom na jej umiestnenie v centre Európy a jej hospodársky význam k väčšej súdržnosti v celej EÚ.
