Hlavnou výzvou v podunajskej oblasti je nájsť správnu rovnováhu medzi zachovaním, ochranou a zlepšovaním ekosystémov, ako aj ich trvalo udržateľným využívaním. ECO KARST sa zaoberá 7 chránenými krasovými oblasťami v 7 rôznych krajinách so spoločnými znakmi (napr. osobitné biologické/hydromorfologické vlastnosti atď.) a podobnými problémami (porušená príroda a obhospodarovanie lesov, využívanie vody a znečistenie atď.). Obmedzená kapacita na riešenie vplyvov degradácie ekosystémov sa zhoršuje nedostatkom primeraných poznatkov a opatrení týkajúcich sa hmatateľných a nehmotných prínosov ekosystémových služieb (ES). Hlavným cieľom je teda prispieť k ochrane a trvalo udržateľnému rozvoju krasových bioregiónov v povodí Dunaja na základe ich hodnoty ES. Projekt ECO KARST stavia na príležitosti využiť prírodné dedičstvo 7 chránených oblastí ako faktor hospodárskeho rozvoja založený na trvalo udržateľnom riadení, ktoré si uvedomuje zraniteľnosť krasových ekosystémov, význam ich ES a skutočné možnosti podnikania v oblasti biodiverzity (PBB). Do programu ECO KARST sa zapoja rôzni verejní a súkromní aktéri, ktorí budú prostredníctvom budovania kapacít, vytvárania sietí a prenosu know-how vykonávať miestne participatívne valorizácie ES a spoločne vypracovať 7 miestnych akčných plánov a jednu spoločnú stratégiu, ktorá zmodernizuje ochranu prírody a uľahčí začatie činnosti PBB v podunajskej oblasti. Výsledkom bude zlepšenie riadenia a trvalo udržateľného rozvoja krasových bioregiónov poháňaných zvýšením informovanosti o ES a zvýšeným počtom angažovaných podnikateľov PBB. ECO KARST predstaví PBB ako realistický, sľubný nový obchodný model pre podnikateľov v pilotných oblastiach (najlepšie nápady PBB budú široko propagované). PP, kľúčové zainteresované strany a cieľové skupiny vytvoria/zvýšia svoju spoluprácu a vytvoria nové miestne a nadnárodné siete na výmenu skúseností a propagáciu. Výsledné usmernenie o tom, ako zaviesť ES a PBB, bude slúžiť ako súbor nástrojov pre celý podunajský a dánsky región.