Finančný nástroj fondu pre vodné hospodárstvo sa zameria na zvýšenie dostupnosti a kvality dodávok pitnej vody a nakladania s odpadovými vodami s cieľom chrániť životné prostredie pred škodlivými účinkami odpadových vôd, zvýšiť počet používateľov napojených na centralizované systémy a celkový počet používateľov centralizovaných systémov, zlepšiť kvalitu a efektívnosť služieb a znížiť straty a nehody v sieťach. Podľa analýzy predbežného posúdenia predstavuje celková medzera vo financovaní v sektore vodného hospodárstva približne 3,5 miliardy EUR. Litovská republika prevádzkuje viac ako 14 000 kilometrov dodávky pitnej vody a viac ako 10 000 kilometrov sietí na zber odpadových vôd, z ktorých viac ako polovica sa zhoršila 60 % alebo viac a má veľmi nízku mieru straty a infiltrácie vody. Pripojenie obyvateľstva k dodávkam pitnej vody a sieťam na zber odpadových vôd sa v jednotlivých obciach značne líši – odhaduje sa, že na dosiahnutie 95 % podielu pripojených spotrebiteľov musí byť približne 13 % spotrebiteľov pripojených k sieťam pitnej vody a 16 % spotrebiteľov musí byť pripojených na kanalizačnú sieť. Fond poskytne licencovaným verejným dodávateľom pitnej vody a správcom odpadových vôd dlhodobé pôžičky (do 20 rokov) na rozvoj a renováciu sietí na zásobovanie pitnou vodou a zber odpadových vôd.