A) V súčasnom projekte R & D integrujeme genomické špičkové technológie do výskumných programov vo výskumných skupinách. Cieľom projektu je zabezpečiť, aby naše výskumné programy boli v medzinárodnom meradle v popredí ich odbornosti a aby sme vďaka rôznym aplikáciám a technologickému vývoju realizovanému v rámci projektu vytvorili udržateľné centrum výskumu a vývoja; D & I excellence. Súčasný výskumný program je založený na vývoji infraštruktúry výskumu a vývoja víťaznej GINOP-2.3.3.-15 „Rozvoj R & D infraštruktúry strediska znalostí a služieb v oblasti rastlinnej vedy založenej na špičkových technológiách na Panónskej univerzite“. V tomto výberovom konaní sa okrem iného kupuje mikroarray Titan MC s využitím technológie Axiom, ktorá bola uvedená na trh pred 5 rokmi a je dostupná len v našej inštitúcii v regióne strednej Európy v 18 krajinách. Systém Axiom ponúka exponenciálne širšiu paletu štúdií ako akýkoľvek iný mikroarray systém a opakovateľnosť experimentálnych výsledkov je prakticky 100 %. Okrem toho je systém dostatočne flexibilný, takže je vhodný aj na vývoj poľa na základe vlastného výskumu. Ďalšie zariadenie QuantStudio 7 qPCR (LifeTechnologies) je zakúpené v našom výberovom konaní na rozvoj infraštruktúry, čo je ďalším kľúčovým prvkom štúdií realizovaných v rámci tohto projektu. Tretím kľúčovým prvkom je technológia sekvenovania novej generácie spoločnosti Illumina určená na testovanie malých vzoriek, ale aj na krátke sekvenovanie najväčších genómov, a teda mimoriadne flexibilný systém, NextSeq 500 System, ktorý chceme získať v súčasnom projekte. Kombinovaná dostupnosť týchto troch špičkových genomických technológií poskytuje komplexnú, flexibilnú a veľmi širokú škálu testovacích možností nasledovne: 1. V jednej reakcii môžeme otestovať stovky vzoriek pomocou mikroarray technológie. Máme desiatky tisíc genómov na vzorku. Preto sa táto metóda používa na simultánnu rýchlu detekciu variácií veľkého počtu známych génov. Špecifické náklady na vzorku sú zlomkom celkového genómového alebo transkripčného sekvenovania. 2. V každom výskumnom programe sa najpriaznivejšie a najnepriaznivejšie genotypy/vzorky postupujú pomocou NextSeq. Tu sa v prvom kroku vytvorí referenčný genóm z najcennejšieho genotypu testu, potom sa vykoná sekvenovanie transkriptom na rovnakom genotype a pracovné gény sa lokalizujú v genóme. Rovnako pripravujeme aj prepis najnepriaznivejšieho genotypu a charakterizujeme rozdiely medzi týmito dvoma genotypmi. Samozrejme, referenčné genómy dostupné vo verejných databázach budú veľkým prínosom pri zostavovaní referenčných genómov z našich vlastných hodnotných genotypov. 3. Expresie génov a génových variantov, ktoré regulujú vlastnosť definovanú v predchádzajúcich štúdiách, sa analyzujú pomocou qPCR pre expresné zmeny v rôznych vývojových štádiách, tkanivách a účinkoch na životné prostredie. Pomocou týchto testov je možné interpretovať genetické pozadie komplexných vlastností, ako sú biotické reakcie na stres, schopnosť využitia dusíka alebo tolerancia sucha. Medzi programami skupín výskumných workshopov, šľachtením viniča, šľachtením viniča a šľachtením, chovom papriky, dlhodobými pokusmi na ornej pôde a chovom ošípaných majú históriu viac ako 50 rokov a majú veľké medzinárodné uznanie v oblasti svojej odbornosti. Majú históriu desaťročí a vďaka medzinárodnej spolupráci v posledných rokoch sa náš výskum krmív pre hydinu dynamicky rozvíja. Nový výskum je náš komplexný program genómového a technologického rozvoja včiel medonosných, v ktorom spolupracujeme aj s partnermi z Maďarska a zo zahraničia. Okrem toho máme hruškovú, zemiakovú a hroznovú banku obsahujúcu cenné génové zdroje, najmä rezistentné gény, ktoré sú dôležitým krokom k zefektívneniu našich šľachtiteľských projektov. B) R & D úlohy, ktoré majú byť dokončené Titan MC platforma (Axiom microarray technológia) objavil pred 5 rokmi, zatiaľ čo NextSeq a QuantStudio 7 qPCR boli vydané pred 2 – 3 rokmi. Novinkou výskumu je výstavba týchto 3 špičkových technológií na seba: technológia microarray opisuje jednotlivé testovacie materiály vo veľkých štúdiách vzoriek, potom porovnáva profily DNA získané NextSeq najpriaznivejšie a najnepriaznivejšie genotypy pre testované vlastnosti a expresný profil génov, ktoré určujú kontrolu vlastností (fáza vývoja, vplyv na životné prostredie, typ tkaniva atď.) skúma qPCR. Na základe získaných výsledkov, nové, špecifické, t. j. vlastník
