Vysokokvalifikovaná administratívna kapacita je kľúčová pre účinné a efektívne riadenie a kontrolu finančných prostriedkov EÚ. Medzi osobitné požiadavky a kompetencie zamestnancov Štátnej agentúry pre elektronickú verejnú správu (SAEA) zapojených do riadenia fondov EÚ patrí dobrá znalosť európskych a vnútroštátnych právnych predpisov v oblasti elektronickej verejnej správy, ako aj vysoká úroveň znalostí a zručností v oblastiach ako bezpečnosť informácií, databázy a aplikačné architektúry a ich spoločné využívanie. Zamestnanci potrebujú poznať a implementovať trhové modely, nástroje a technológie pre rozvoj, IT a doménové infraštruktúry, politiky pre elektronickú verejnú správu, prípravu a realizáciu projektov financovaných z rôznych darcovských programov vedúcich k dosiahnutiu stanovených cieľov. Veľký dôraz sa kladie na tímovú prácu, ktorá má analytické zručnosti, inovatívny prístup, flexibilitu pri rozhodovaní vzhľadom na potrebu každodennej práce s informačnými systémami a databázou. S cieľom zabezpečiť príťažlivosť a udržanie kvalifikovaných a motivovaných odborníkov je potrebné udržiavať a zlepšovať motiváciu svojich zamestnancov. Popri možnostiach odbornej prípravy a profesionálneho rastu je dôležitým nástrojom na poskytovanie vysokokvalifikovaných pracovníkov aj atraktívne odmeňovanie. Jedným z opatrení na zvýšenie motivácie a efektívnosti zamestnancov je poskytovanie odmien, ktoré sa určujú na základe príspevku každého zamestnanca na úlohy súvisiace s riadením európskych fondov, ktoré sú financované v rámci operačného programu „Dobré riadenie“. V rozpočtovom riadku sa poskytujú odmeny zamestnancom CCU vykonávajúcim činnosti EŠIF, sociálne a zdravotné poistenie, ktoré dlhuje zamestnávateľ a ktoré sa účtujú z vyplatenej odmeny.