Cieľom projektu je, aby požiadavky smerníc Rady EÚ zaväzovali členské štáty vykonávať činnosti v oblasti ochrany prírody v oblastiach dôležitých pre ochranu vtáctva a biotopov. V rámci projektu sa budú vykonávať ochranné a riadiace opatrenia stanovené v plánovacích dokumentoch (plány riadenia prírody, plány riadenia, programy riadenia atď.) v lokalitách sústavy Natura 2000 alebo v ich častiach. Opatrenia na riadenie prírody (napr. kosenie, výrub kríkov, zriadenie miest na rozmnožovanie pre chránené druhy, obnova hydrologického režimu atď.) sú zamerané na vytvorenie podmienok na obnovu a ochranu biotopov, druhov a v dôsledku toho na vytvorenie predpokladov na zlepšenie hodnoty chránených oblastí. V rámci projektu sa plánuje spravovať 18 lokalít sústavy Natura 2000 (vrátane hydrologických rekonštrukčných prác v časti lokalít) a vypracovať 5 technických projektov na obnovu hydrologického režimu (s cieľom pripraviť sa na hydrologické rekonštrukčné práce).