Projekt správy operačného programu je navrhnutý tak, aby zabezpečil efektívnu správu štrukturálnych fondov EÚ. Tento projekt zabezpečuje financovanie výdavkov súvisiacich s vykonávaním funkcií správy finančných prostriedkov zo štrukturálnych fondov EÚ zverených Agentúre pre riadenie environmentálnych projektov ministerstva životného prostredia, ako je stanovené v Pravidlách správy technickej pomoci schválených vyhláškou ministra financií č. 1K-337 z 28. októbra 2014, ktorým sa schvaľujú pravidlá správy technickej pomoci.