Cieľom projektu je realizácia celoplošného monitoringu druhov a biotopov, zabezpečenie dostupnosti aktuálnych údajov prostredníctvom informačného systému a zníženie počtu neznámeho stavu biotopov a druhov európskeho významu (celkom o 59 biotopov a druhov). Prostredníctvom dobudovania a skvalitnenia monitoringu bude možné spracovanie správ o stave biotopov a druhoch európskeho významu a jednotlivých druhoch vtákov (reporting) pre Európsku komisiu a tak naplnenie národných legislatívnych požiadaviek a požiadaviek smerníc EÚ. Realizácia a rozšírenie monitoringu budú zabezpečené sledovaním stavu (monitoring) druhov a biotopov európskeho významu podľa požiadaviek smernice o biotopoch a smernice o vtákoch na území celého Slovenska. Výsledky monitoringu budú slúžiť pre zabezpečenie cieľov smerníc, najmä udržanie a zlepšovanie stavu druhov a biotopov európskeho významu a podávanie pravidelných správ Európskej komisii (reporting). Naplnenie cieľov projektu bude uskutočnené prostredníctvom realizácie monitoringu na vybraných trvalých monitorovacích lokalitách (TML) podľa stanovenej metodiky a frekvencie, ktoré je potrebné pred realizáciou v teréne objektivizovať a spresniť. Monitorované budú: nelesné biotopy a botanické taxóny, lesné biotopy, vtáky, ryby a ostatné druhy živočíchov ako napríklad hlodavce, chrobáky, motýle atď. Sieť TML bude doplnená o ďalšie TML najmä pre jednotlivé druhy vtákov, čím sa zabezpečí rozmiestnenie TML na celom území SR. Pre tento účel je potrebné zabezpečiť návštevu všetkých pôvodných lokalít za účelom vytýčenia nových TML pre ďalšie biotopy/druhy (Počet monitorovaných lokalít, kde došlo k zvýšeniu počtu monitorovaných druhov alebo biotopov – 3000). Rovnako je potrebné založiť úplne nové TML (Počet novo zaradených monitorovaných lokalít). Dôležitou súčasťou projektu je aj zabezpečenie publicity monitoringu prostredníctvom verejného portálu a jeho prepojenosť na praktický manažment lokalít a prípravu odborných publikácií.