Wdrażany w ramach projektu pozakonkursowego Fundusz Gwarancyjny będzie oferował gwarancje dla instytucji finansowych (banków kredytujących) udostępniających kapitał przedsiębiorcom na ich działalność innowacyjną, w tym na wdrożenia wyników prac B+R. Gwarancje są instrumentem zwrotnym o najwyższym współczynniku dźwigni finansowej rozumianej jako relacja wygenerowanego finansowania do zaangażowanych środków publicznych. Przejęcie przez Fundusz Gwarancyjny znacznej części ryzyka ponoszonego przez instytucje finansowe stworzy zachętę do angażowania się kapitału prywatnego w finansowanie innowacyjnych projektów. W ramach operacji udzielane będzie również wsparcie w formie dopłat do oprocentowania kredytów, zgodnie z art. 37 ust.7 rozporządzenia 1303/2013.