Głównym celem jest zapewnienie sprawnego i efektywnego przebiegu realizacji programów operacyjnych: POIG, POKL oraz POPC. POPT zapewnia środki finansowe na obsługę procesów z zakresu przygotowania, zarządzania, wdrażania, monitorowania, oceny i kontroli realizacji, a także informacji i promocji programów unijnych.