Celem bonu praskiego na innowacyjne projekty jest wspieranie współpracy międzysektorowej sektora badań naukowych i sektora innowacji. Szczegółowymi celami projektu są: a) promowanie pierwszej współpracy poszczególnych dwóch partnerów; promowanie późniejszej współpracy wcześniej współpracujących partnerów. Cel ten zostanie osiągnięty poprzez ogłoszenie zaproszeń do ubiegania się o bon praski na innowacyjne projekty, dzięki którym wnioskodawca zapewni wsparcie dla MŚP w zakresie zakupu usług od organizacji badawczych.