Głównym celem projektu jest zapewnienie sprawnego i efektywnego przebiegu realizacji programów operacyjnych: POPC i POIG poprzez zabezpieczenie niezbędnych zasobów ludzkich oraz warunków gwarantujących sprawne działanie instytucji. POPT zapewnia środki finansowe na obsługę procesów z zakresu przygotowania, zarządzania, wdrażania, monitorowania, oceny i kontroli realizacji a także informacji i promocji oraz ewaluacji programów unijnych.