ISE ma na celu identyfikację MŚP potrzebujących tworzenia dodatkowej wartości oraz przyspieszenie innowacji poprzez ułatwianie połączeń transgranicznych, współpracy i transferu technologii z innymi MŚP, instytutami wiedzy i ekspertami. Celem projektu jest dostarczenie dwóch głównych trajektorii wsparcia: „wprowadzenie innowacji” (WP1) do szeregu sektorów priorytetowych oraz „inkubacja innowacji i klastrów” (WP2 & 3) wśród MŚP o potencjale wzrostu z sektorów wyróżnionych w regionalnych strategiach S3. Wiele regionów partnerskich to „naśladowcy innowacji”. ISE zwiększy liczbę MŚP wprowadzających innowacje i wprowadzających innowacje na nowe rynki.