Instrument finansowy Funduszu Gospodarki Wodnej będzie miał na celu zwiększenie dostępności i jakości zaopatrzenia w wodę pitną i gospodarowania ściekami w celu ochrony środowiska przed szkodliwym wpływem ścieków, zwiększenia liczby użytkowników podłączonych do systemów scentralizowanych oraz całkowitej liczby użytkowników systemów scentralizowanych, poprawy jakości i efektywności usług oraz zmniejszenia strat i wypadków w sieciach. Zgodnie z analizą oceny wstępnej ogólna niedopasowanie poziomu płynności w sektorze gospodarki wodnej wynosi około 3,5 mld EUR. Republika Litewska obsługuje ponad 14 000 kilometrów zaopatrzenia w wodę pitną i ponad 10 000 kilometrów sieci odprowadzania ścieków, z których ponad połowa uległa pogorszeniu co najmniej 60 % i ma bardzo niskie wskaźniki utraty i infiltracji wody. Podłączenie ludności do sieci zaopatrzenia w wodę pitną i odprowadzania ścieków znacznie się różni w poszczególnych gminach – szacuje się, że aby dotrzeć do 95 % konsumentów podłączonych do sieci, około 13 % konsumentów musi być podłączonych do sieci wody pitnej, a 16 % konsumentów musi być podłączonych do sieci kanalizacyjnej. Fundusz zapewni licencjonowanym publicznym dostawcom wody pitnej i podmiotom zarządzającym ściekami długoterminowe pożyczki (do 20 lat) na rozwój i renowację sieci zaopatrzenia w wodę pitną i sieci odprowadzania ścieków.