Celem projektu jest to, że wymogi dyrektyw Rady UE zobowiązują państwa członkowskie do prowadzenia prac w zakresie zarządzania środowiskiem na obszarach mających znaczenie dla ochrony ptaków i siedlisk. Projekt będzie wdrażał środki ochrony i zarządzania przewidziane w dokumentach dotyczących planowania (plany zarządzania przyrodą, plany zarządzania, programy zarządzania itp.) na obszarach Natura 2000 lub ich częściach. Środki zarządzania przyrodą (np. koszenie, ścinanie krzewów, tworzenie terenów rozrodu dla gatunków chronionych, odbudowa reżimu hydrologicznego itp.) mają na celu stworzenie warunków dla odbudowy i ochrony siedlisk, gatunków, a tym samym stworzenie warunków wstępnych dla poprawy wartości obszarów chronionych. W ramach projektu planowane jest zarządzanie 18 obszarami Natura 2000 (w tym prace rekonstrukcji hydrologicznej w części terenów) oraz opracowanie 5 projektów technicznych w zakresie odbudowy systemu hydrologicznego (w celu przygotowania do prac rekonstrukcji hydrologicznej).