Projekt zarządzania programami operacyjnymi ma na celu zapewnienie skutecznego zarządzania funduszami strukturalnymi UE. Projekt ten przewiduje finansowanie wydatków związanych z realizacją funkcji administrowania funduszami strukturalnymi UE powierzonych Agencji Zarządzania Projektami Środowiskowym Ministerstwa Środowiska, zgodnie z Regulaminem Administracji Pomocy Technicznej zatwierdzonym zarządzeniem Ministra Finansów nr 1K-337 z dnia 28 października 2014 r. w sprawie zatwierdzenia zasad administrowania pomocą techniczną.