Nasz zespół hostingowy EA2656, GRAM 2.0 (Military Adaptation Research Group) to unikalny zespół, dwustronny zespół w cotutal między uniwersytetami w Caen i Rouen. Jest częścią Federacji Hospitalo-Universitaire (FeNOMIH) skupiającej usługi bakteriologii, wirusologii, parazytologii/mikologii, higieny szpitalnej i infekologii CHU w Caen i Rouen. Zespół GRAM 2.0 posiada 2 krajowe ośrodki referencyjne chorób zakaźnych (odra/mumps/rubella, HIV). Posiada więc wiele atutów, aby skutecznie realizować cele projektu DynaMic-H. Dodanie do tych aktywów włączenia do tego projektu departamentów medycyny ogólnej UFR Santé de Caen i Rouen, zaangażowanych w pobieranie próbek i gromadzenie danych w podstawowej opiece zdrowotnej. Jest to sieć pracowników służby zdrowia w kontakcie z populacją ogólną, bardzo cenna do opisania kontekstu pozyskiwania patogenów w podstawowej opiece zdrowotnej. Projekt DynaMic-H opiera się na zintegrowanym podejściu do patologii zakaźnej uwzględniającym wpływ dynamiki zmian w równowadze mikrobiomów. Te zbiory gatunków drobnoustrojów kolonizują nasz organizm przez całe życie. Znacząco oddziałują one z naszą działalnością fizjologiczną, w szczególności z układami odpornościowymi, metabolicznymi i neuro-poznawczymi. Ten projekt badawczy koncentruje się na ludzkim mikrobiomie (lub mikrobiota), który definiuje się jako wszystkie bakterie, wirusy, grzyby i inne mikroorganizmy obecne w różnych przedziałach lub niszach ekologicznych naszego organizmu. Celem projektu DynaMic-H jest badanie mikrobiomas i ich interakcji z infekcjami wirusowymi i bakteryjnymi. Ze względu na obszary wiedzy członków GRAM 2.0 głównym składnikiem jest mikrobiom układu oddechowego jamy ustno-gardłowej, a także dwa badania pilotażowe, z udziałem przedziału dojelitowego i komory moczowej/pochwowej. Próbki zostaną wybrane i przygotowane do sekwencjonowania metatranskryptomicznego o dużym obciążeniu bez a priori zoptymalizowanego mieszanego (długie sekwencje i krótka technologia Nanopore i Illumina) umożliwiająca analizę bioinformatyczną obfitości i ekspresji funkcjonalnej genów mikrobiologicznych. Wielowymiarowe analizy danych o dużym przepływie będą identyfikować profile związane z badanymi zmiennymi. Będą one opierać się na rurociągach bioinformatycznych opracowanych i już dostępnych, dostosowanych zdolnościach obliczeniowych i magazynowych dostępnych lokalnie oraz dostępnych już transkryptomice i (meta)genomice projektów pilotażowych i współpracowników.
