PATOGENY OPORNE NA ANTYBIOTYKI, TAKIE JAK OPORNOŚĆ NA WANKOMYCYNĘ ENTEROCOCO (REV) SĄ CORAZ WIĘKSZYM PROBLEMEM U PACJENTÓW HOSPITALIZOWANYCH I CZĘSTO POWODUJĄ INFEKCJE PO LECZENIU ANTYBIOTYKAMI. ZAKAŻENIA ERV ZWYKLE ROZPOCZYNAJĄ SIĘ W JELICIE. W NORMALNYCH WARUNKACH NASZE JELITO JEST KOLONIZOWANE PRZEZ SETKI BAKTERII KOMENSALNYCH, MIKROBIOTA, KTÓRA HAMUJE KOLONIZACJĘ JELIT PRZEZ VRE, NAZYWANĄ „OPORNOŚCIĄ NA KOLONIZACJĘ” (CR). NATOMIAST PODAWANIE ANTYBIOTYKÓW ZMIENIA SKŁAD MIKROBIOTY, CO POZWALA VRE NA KOLONIZACJĘ JELITA, A NASTĘPNIE ROZPRZESTRZENIENIE SIĘ DO KRWI, GDZIE MOŻE ZAGROZIĆ ŻYCIU PACJENTA. DLATEGO ZROZUMIENIE, W JAKI SPOSÓB I JAKIE ELEMENTY MIKROBIOTY NADAJĄ CR ORAZ JAK ANTYBIOTYKI PROMUJĄ INFEKCJE, MA KLUCZOWE ZNACZENIE, JEŚLI CHCEMY ZAPOBIEGAĆ INFEKCJOM VRE. BRAK TECHNIK ANALIZY MIKROBIOTY UTRUDNIA JEDNAK BADANIE TEGO KLINICZNIE ISTOTNEGO POLA. NA SZCZĘŚCIE NOWE TECHNIKI SEKWENCJONOWANIA MASY POZWALAJĄ TERAZ NA SZCZEGÓŁOWE BADANIE MIKROBIOTY I JEJ GENÓW (MIKROBIOMU). NASZA GRUPA JEST PIONIEREM TEJ NOWEJ METODOLOGII IDENTYFIKACJI ZMIAN MIKROBIOTY, KTÓRE PROMUJĄ KOLONIZACJĘ VRE I IDENTYFIKOWANIA TYCH GATUNKÓW BAKTERII, KTÓRE NADAJĄ CR. WYKAZALIŚMY, ŻE USUNIĘCIE NIEKTÓRYCH BAKTERII Z MIKROBIOTY, W TYM BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, ZWIĘKSZA RYZYKO ZAKAŻENIA. PONADTO REKONSTYTUCJA MYSZY LECZONYCH ANTYBIOTYKAMI TYMI BAKTERIAMI ZNACZNIE ZMNIEJSZA KOLONIZACJĘ PRZEZ VRE. PO ZIDENTYFIKOWANIU KONKRETNYCH BAKTERII MIKROBIOTA, KTÓRE PROMUJĄ CR, W TYM PROJEKCIE PROPONUJEMY OKREŚLENIE MECHANIZMÓW, ZA POMOCĄ KTÓRYCH TE BAKTERIE NADAJĄ OCHRONĘ. OPUBLIKOWANE PRZEZ NAS WYNIKI WSKAZUJĄ, ŻE MIKROBIOTA NADAJE CR W PRZYPADKU BRAKU ISTOTNYCH SKŁADNIKÓW UKŁADU ODPORNOŚCIOWEGO. DLATEGO W TYM PROJEKCIE SKUPIMY SIĘ NA IDENTYFIKACJI MECHANIZMÓW, ZA POMOCĄ KTÓRYCH MIKROBIOTA BEZPOŚREDNIO NADAJE ODPORNOŚĆ (COMPETICION PRZEZ SKŁADNIKI ODŻYWCZE, PRODUKCJA SUBSTANCJI HAMUJĄCYCH). ABY OSIĄGNĄĆ TEN CEL, NAJPIERW OKREŚLIMY SKŁADNIKI ODŻYWCZE STOSOWANE PRZEZ PATOGEN I BAKTERIE OCHRONNE (BPS) W JELICIE MYSZY. W TYM CELU BĘDZIEMY STOSOWAĆ TECHNIKI OMIJAJĄCE (METAGENOMICA I METATRANSCRIPTOMICA) W CELU IDENTYFIKACJI GENÓW WYRAŻONYCH W CELU UZYSKANIA SKŁADNIKÓW ODŻYWCZYCH IN VIVO ORAZ TECHNIK METABOLOMICZNYCH W CELU IDENTYFIKACJI SKŁADNIKÓW ODŻYWCZYCH, KTÓRE ZMNIEJSZYŁY SIĘ IN VIVO PO KOLONIZACJI PRZEZ VRE LUB BPS. PONADTO, BĘDZIEMY IDENTYFIKOWAĆ IN VITRO PRZEZ „ARRAYS” SKŁADNIKI ODŻYWCZE, KTÓRE SĄ NIEZBĘDNE DO WZROSTU VRE, A ZA POMOCĄ TECHNIKI IDENTYFIKACJI MUTANTÓW POPRZEZ TRANSPOZYCJĘ IN VIVO, BĘDZIEMY IDENTYFIKOWAĆ GENY, KTÓRE VRE MUSI SKOLONIZOWAĆ JELITO I POZYSKIWAĆ SKŁADNIKI ODŻYWCZE. PO ZDEFINIOWANIU STRATEGII STOSOWANYCH PRZEZ VRE I BPS W CELU WYKORZYSTANIA SKŁADNIKÓW ODŻYWCZYCH TESTY IN VITRO I IN VIVO WYKAŻĄ ROLĘ KONKURENCJI SKŁADNIKÓW POKARMOWYCH W CR W PORÓWNANIU Z VRE. Z DRUGIEJ STRONY, IN VIVO PROFILE OMICZNE BPS BĘDĄ IDENTYFIKOWAĆ MOŻLIWE CZĄSTECZKI INHIBITORÓW, KTÓRE BĘDĄ TESTOWANE W TESTACH INHIBICJI WZROSTU W CELU OKREŚLENIA ROLI TYCH CZĄSTECZEK W CR. INFORMACJE UZYSKANE W RAMACH TEGO PROJEKTU ZAOWOCUJĄ NOWYMI STRATEGIAMI TERAPEUTYCZNYMI W CELU ZWALCZANIA ZAKAŻEŃ ERV, PATOGENEM, KTÓRY UZYSKUJE OPORNOŚĆ NA KILKA DOSTĘPNYCH OPCJI TERAPEUTYCZNYCH.
