Instytucja Zarządzająca OPANEK jest odpowiedzialna za opracowanie i zmianę Planu Ewaluacji Programu Operacyjnego, zgodnie z wytycznymi Krajowej Instytucji Koordynacyjnej w zakresie planowania i monitorowania ewaluacji oraz rozpowszechniania wyników ocen w okresie programowania 2014-2020. W celu poprawy wdrażania EPANEK przewiduje się 6 ocen trwających działań, w szczególności pod względem ich skuteczności i wydajności, a także określenia potrzeby zmiany ukierunkowania. Dane z tych ocen zapewnią również niezbędną dokumentację sprawozdań rocznych. Oceny dotyczą działań dotyczących priorytetów inwestycyjnych o znacznym budżecie i w przypadku których oczekuje się, że odpowiednie działania będą miały zaawansowany zakres fizyczny, a mianowicie działania w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego (EFS), badań, rozwoju technologicznego i innowacji (EBOR), przedsiębiorczości, oszczędności energii i sieci szerokopasmowych (priorytety inwestycyjne 11i, 8iii, 8v, 1a, 1b, 3a, 3c, 3d, 4c, 2a), które mają zostać wdrożone w latach 2018-2019. Pod koniec okresu programowania i do końca 2021 r. planuje się 13 ocen skutków, w zależności od harmonogramu zakończenia działań – niektóre z nich spodziewane są już w 2018 r. – w odniesieniu do wszystkich celów szczegółowych EPANIEK, z których część będzie oceniana łącznie (przedsiębiorstwa, badania naukowe, EFS, środowisko), a w miarę możliwości ocenia sektorowy i przestrzenny wymiar działań. Oceny skutków będą obejmować, oprócz analizy skutków, analizę skuteczności, wydajności i adekwatności, a także trwałości, spójności i wartości dodanej realizowanych działań, w zależności od charakteru rozpatrywanych celów szczegółowych. Metodyka, którą należy stosować, podlega ocenie skutków opartej na teorii, która zostanie dostosowana do charakteru działań w ramach ocenionych priorytetów inwestycyjnych. W dwóch z nich, a mianowicie w ocenach skutków działań w zakresie przedsiębiorczości w ramach celów tematycznych 1 i 3, można wykorzystać alternatywne oceny skutków, aby porównać je z ocenami niewspieranymi w ramach NSRO na lata 2014-2020. Gromadzenie danych planowane jest za pomocą kwestionariuszy, wywiadów, badań terenowych, gromadzenia danych statystycznych itp. W 2022 r. skład powyższych ocen jest planowany w 1 Syntetycznej ocenie skutków według osi i według priorytetów inwestycyjnych EPANEK, która obejmie ocenę wpływu działań w zakresie pomocy technicznej, a także podsumowanie wyników ocen.