Zgodnie z przepisami sekcji 5 ustawy o wkładach z europejskich funduszy strukturalnych i inwestycyjnych oraz art. 24 ustawy o kompetencjach, organem odpowiedzialnym za ochronę interesów finansowych jest Urząd Rządowy Republiki Słowackiej. Rolę ochrony interesów finansowych UE w ramach OV SR pełni centralna jednostka kontaktowa OLAF (OLAF occu). Organem zapewniającym ochronę interesów finansowych jest jednostka koordynująca zwalczanie nadużyć finansowych zgodnie z art. 3 ust. 4 rozporządzenia nr 883/2013.Wspieranie zdolności administracyjnych koordynatora ds. zwalczania nadużyć finansowych w okresie programowania 2014-2020 jest niezbędnym warunkiem wstępnym osiągnięcia koordynacji działań mających na celu zwalczanie nadużyć finansowych i ochronę interesów finansowych UE na Słowacji.