EFS II w ČZU to kompleksowy projekt mający na celu poprawę jakości działań edukacyjnych, wprowadzenie praktyki do programów studiów, zwiększenie udziału studentów ze SP w edukacji, umiędzynarodowienie środowiska ČZU, rozwój powiązań między absolwentami uczelni wyższych w związku z zastosowaniem absolwentów na rynku pracy w celu realizacji w strategicznym zarządzaniu programami studiów na uniwersytecie oraz dalsze działania prowadzące do zwiększenia zainteresowania studiami w ČZU z grona studentów. Ważne jest powiązanie projektu z uzupełniającymi projektami EFRR.