A) U sadašnjem R & D projektu, integriramo genomske najsuvremenije tehnologije u istraživačke programe na istraživačkim radionicama. Cilj projekta je osigurati da naši istraživački programi budu na međunarodnoj razini u svom području stručnosti, a zahvaljujući različitim primjenama i tehnološkim dostignućima koje se provode u projektu, stvaramo održivo središte istraživanja & D & I izvrsnost. Sadašnji istraživački program temelji se na istraživanju i razvoju razvojne infrastrukture pobjedničkog GINOP-2.3.3.-15. „Razvoj istraživanja i kampa; D infrastruktura znanstvenog znanja i servisnog centra za pogon temeljena na najsuvremenijim tehnologijama na Sveučilištu u Pannoniji”. U ovom natječaju, između ostalog, kupuje se Titan MC mikroarray uređaj koji koristi Axiom tehnologiju, koji je stavljen na tržište prije 5 godina i dostupan je samo u našoj instituciji u srednjoeuropskoj regiji 18 zemalja. Axiom sustav nudi eksponencijalno širu paletu studija od bilo kojeg drugog mikroarray sustava, a ponovljivost eksperimentalnih rezultata je praktički 100 %. Osim toga, sustav je dovoljno fleksibilan, tako da je pogodan i za razvoj polja na temelju vlastitog istraživanja. Drugi QuantStudio 7 qPCR uređaj (LifeTechnologies) kupljen je u našem natječaju za razvoj infrastrukture, što je još jedan ključni element studija provedenih u ovom projektu. Treći ključni element je tehnologija sekvenciranja sljedeće generacije Ilumine, dizajnirana za testiranje malih uzoraka, ali i za kratko sekvenciranje najvećih genoma, a time i iznimno fleksibilan sustav, NextSeq 500 System, koji želimo steći u ovom projektu. Kombinirana dostupnost ove tri visokotehnološke genomske tehnologije pruža složen, fleksibilan i vrlo širok raspon ispitnih opcija, kako slijedi: 1. U jednoj reakciji, možemo testirati stotine uzoraka s mikroarray tehnologijom. Dobivamo desetke tisuća genoma po uzorku. Stoga se ova metoda koristi za istodobno brzo otkrivanje varijacija velikog broja poznatih gena. Specifični trošak uzorka je dio ukupnog genomskog ili transkriptivnog sekvenciranja. 2. U svakom istraživačkom programu najpovoljniji i najnepovoljniji genotipovi/uzorci sekvenciraju se pomoću instrumenta NextSeq. Ovdje se u prvom koraku stvara referentni genom od najvrednijeg genotipa testa, zatim sekvenciranje transkriptom na istom genotipu i radni geni su lokalizirani u referentnom genomu. Na isti način pripremamo i transkript najnepovoljnijeg genotipa i karakteriziramo razlike između dva genotipa. Naravno, referentni genomi dostupni u javnim bazama podataka bit će od velike pomoći u sastavljanju referentnih genoma izrađenih od naših vrijednih genotipova. 3. Izrazi gena i varijanti gena koji kontroliraju svojstvo kako je definirano u prethodnim studijama analiziraju se pomoću qPCR-a za promjene ekspresije u različitim razvojnim fazama, tkivima i učincima na okoliš. Uz pomoć tih testova može se tumačiti genetska pozadina složenih svojstava kao što su biotički odgovori na stres, kapacitet iskorištenja dušika ili tolerancija suše. Među programima istraživačkih radionica, uzgoj otpornosti na krumpir, uzgoj vinove loze i plemićkog uzgoja, uzgoj paprike, ratarski dugotrajni pokusi i svinjogojstvo imaju povijest od više od 50 godina i imaju veliko međunarodno priznanje u svom području stručnosti. Oni imaju povijest desetljeća i zahvaljujući međunarodnoj suradnji posljednjih godina, naša istraživanja o hrani za perad dinamički se razvijaju. Novo istraživanje naš je sveobuhvatni program genomskog i tehnološkog razvoja pčela, u kojem surađujemo i s partnerima iz Mađarske i inozemstva. Osim toga, imamo banku gena kruške, krumpira i grožđa koja sadrži vrijedne genetske resurse, osobito gene otpornosti, koji su važan korak u povećanju učinkovitosti naših uzgojnih projekata. B) R & D zadaci koje treba dovršiti Titan MC platforma (Axiom microarray tehnologija) pojavio se prije 5 godina, dok su NextSeq i QuantStudio 7 qPCR objavljeni prije 2 – 3 godine. Novost istraživanja je izgradnja ove 3 visokotehnološke tehnologije jedna na drugu: mikroarray tehnologija opisuje pojedinačne testne materijale u velikim studijama uzoraka, zatim uspoređujući profile DNK dobivenih NextSeq najpovoljnijim i nepovoljnim genotipovima za ispitana svojstva, a profil ekspresije gena koji određuju kontrolu svojstva (faza razvoja, utjecaj na okoliš, tip tkiva itd.) ispituje qPCR. Na temelju dobivenih rezultata, novi, specifični, tj. vlasnik
