Visokokvalificirani administrativni kapaciteti ključni su za djelotvorno i učinkovito upravljanje sredstvima EU-a i njihovu kontrolu. Posebni zahtjevi i kompetencije zaposlenika Državne agencije za e-upravu (SAEA) uključenih u upravljanje EU fondovima uključuju dobro poznavanje europskih i nacionalnih propisa u području e-uprave, kao i visoku razinu znanja i vještina u područjima kao što su informacijska sigurnost, arhitektura baza podataka i aplikacija te njihovo zajedničko korištenje. Zaposlenici moraju poznavati i provoditi tržišne modele, alate i tehnologije za razvoj, IT i domensku infrastrukturu, politike za e-upravu, pripremu i provedbu projekata financiranih iz različitih donatorskih programa koji vode postizanju postavljenih ciljeva. Velika je važnost timski rad, posjedovanje analitičkih vještina, inovativan pristup, fleksibilnost u donošenju odluka, s obzirom na potrebu za svakodnevnim radom s informacijskim sustavima i bazama podataka. Kako bi se osigurala privlačnost i zadržavanje kvalificiranih i motiviranih stručnjaka, potrebno je održavati i poboljšati motivaciju svojih zaposlenika. Uz mogućnosti za osposobljavanje i profesionalni rast, atraktivna naknada važan je alat za pružanje visokokvalificiranog osoblja. Jedna od mjera za povećanje motivacije i učinkovitosti zaposlenika jest pružanje primitaka od rada, koje se utvrđuju na temelju doprinosa svakog zaposlenika za zadaće povezane s upravljanjem europskim fondovima koji se financiraju u okviru OP-a „Dobro upravljanje”. Proračunskom linijom osiguravaju se naknade zaposlenicima CCU-a koji obavljaju aktivnosti ESIF-a, socijalno i zdravstveno osiguranje koje duguje poslodavac i koje se naplaćuje na isplaćenu naknadu.