Projekt upravljanja operativnim programom osmišljen je kako bi se osiguralo učinkovito upravljanje strukturnim fondovima EU-a. Ovim se projektom predviđa financiranje izdataka vezanih uz provedbu funkcija upravljanja sredstvima strukturnih fondova EU-a povjerenih Agenciji za upravljanje projektima zaštite okoliša Ministarstva zaštite okoliša, kako je predviđeno Pravilnikom o upravljanju tehničkom pomoći koji je odobren Naredbom br. 1K-337 ministra financija od 28. listopada 2014. godine kojom se odobravaju Pravilnik o upravljanju tehničkom pomoći.