PATOGENI OTPORNI NA ANTIBIOTIKE, KAO ŠTO JE ENTEROCOCOCO-OTPORAN NA VANKOMICIN (REV) SVE SU VEĆI PROBLEM KOD HOSPITALIZIRANIH BOLESNIKA I ČESTO UZROKUJU INFEKCIJE NAKON LIJEČENJA ANTIBIOTICIMA. INFEKCIJE ERV-OM OBIČNO POČINJU U CRIJEVIMA. U NORMALNIM UVJETIMA, NAŠE CRIJEVO KOLONIZIRA STOTINE KOMENZALNIH BAKTERIJA, MIKROBIOTA, KOJA INHIBIRA CRIJEVNU KOLONIZACIJU VRE-OM, KOJA SE NAZIVA „REZISTENCIJA KOLONIZACIJE” (CR). S DRUGE STRANE, PRIMJENA ANTIBIOTIKA MIJENJA SASTAV MIKROBIOTE, ŠTO VRE-U OMOGUĆUJE KOLONIZIRANJE CRIJEVA I ZATIM ŠIRENJE U KRV GDJE MOŽE UGROZITI ŽIVOT PACIJENTA. STOGA JE RAZUMIJEVANJE KAKO I ŠTO ČLANOVI MIKROBIOTA DAJU CR I KAKO ANTIBIOTICI PROMOVIRAJU INFEKCIJU KLJUČNO AKO ŽELIMO SPRIJEČITI INFEKCIJE VRE-OM. MEĐUTIM, NEDOSTATAK TEHNIKA ZA ANALIZU MIKROBIOTE OTEŽAO JE PROUČAVANJE OVOG KLINIČKI RELEVANTNOG POLJA. SREĆOM, NOVE TEHNIKE SEKVENCIRANJA MASE SADA OMOGUĆUJU DETALJNO PROUČAVANJE MIKROBIOTE I NJEZINIH GENA (MIKROBIOMA). NAŠA GRUPA JE PIONIR OVU NOVU METODOLOGIJU ZA IDENTIFIKACIJU MIKROBIOTA PROMJENE KOJE PROMIČU VRE KOLONIZACIJU I IDENTIFICIRATI ONE BAKTERIJSKE VRSTE KOJE DAJU CR. POKAZALI SMO DA UKLANJANJE ODREĐENIH BAKTERIJA IZ MIKROBIOTE, UKLJUČUJUĆI BARNESIELLU, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, POVEĆAVA RIZIK OD INFEKCIJE. NADALJE, REKONSTITUCIJA MIŠEVA LIJEČENIH ANTIBIOTICIMA S TIM BAKTERIJAMA ZNATNO SMANJUJE KOLONIZACIJU VRE-OM. NAKON ŠTO SMO IDENTIFICIRALI SPECIFIČNE MIKROBIOTA BAKTERIJE KOJE PROMIČU CR, U OVOM PROJEKTU PREDLAŽEMO DA SE IDENTIFICIRAJU MEHANIZMI POMOĆU KOJIH OVE BAKTERIJE DAJU ZAŠTITU. NAŠI OBJAVLJENI REZULTATI POKAZUJU DA MIKROBIOTA DAJE CR U ODSUTNOSTI BITNIH KOMPONENTI IMUNOLOŠKOG SUSTAVA. STOGA ĆEMO SE U OVOM PROJEKTU USREDOTOČITI NA IDENTIFICIRANJE MEHANIZAMA POMOĆU KOJIH MIKROBIOTA IZRAVNO PRENOSI OTPORNOST (KOMETIKA HRANJIVIM TVARIMA, PROIZVODNJA INHIBITORNIH TVARI). DA BISMO POSTIGLI TAJ CILJ, PRVO ĆEMO DEFINIRATI HRANJIVE TVARI KOJE KORISTE PATOGENI I ZAŠTITNE BAKTERIJE (BPS) U CRIJEVIMA MIŠEVA. ZA TO ĆEMO KORISTITI OMIČKE TEHNIKE (METAGENOMICA I METATRANSCRIPTOMICA) ZA IDENTIFIKACIJU GENA IZRAŽENIH ZA DOBIVANJE IN VIVO HRANJIVIH TVARI I METABOLOMSKIH TEHNIKA ZA IDENTIFIKACIJU HRANJIVIH TVARI KOJE SU SE SMANJILE IN VIVO NAKON KOLONIZACIJE VRE ILI BPS. OSIM TOGA, IDENTIFICIRAT ĆEMO IN VITRO POMOĆU „ARRAYS” HRANJIVIH TVARI KOJE SU BITNE ZA RAST VRE-A, A POMOĆU TEHNIKE IDENTIFIKACIJE MUTANATA PRENOŠENJEM IN VIVO, IDENTIFICIRAT ĆEMO GENE KOJI VRE TREBAJU KOLONIZIRATI CRIJEVA I STEĆI HRANJIVE TVARI. NAKON ŠTO SE UTVRDE STRATEGIJE KOJE VRE I BPS KORISTE ZA ISKORIŠTAVANJE HRANJIVIH TVARI, IN VITRO I IN VIVO COMPETICION TESTOVI ĆE POKAZATI ULOGU NATJECANJA HRANJIVIH TVARI U CR NASPRAM VRE. S DRUGE STRANE, IN VIVO OMIČKI PROFILI BPS-A IDENTIFICIRAT ĆE MOGUĆE INHIBITORNE MOLEKULE KOJE ĆE SE TESTIRATI U TESTOVIMA INHIBICIJE RASTA KAKO BI SE DEFINIRALA ULOGA TIH MOLEKULA U CR. INFORMACIJE DOBIVENE U OVOM PROJEKTU POTAKNUT ĆE NOVE TERAPIJSKE STRATEGIJE ZA BORBU PROTIV INFEKCIJA ERV-OM, PATOGENA KOJI DOBIVA OTPORNOST NA NEKOLIKO DOSTUPNIH TERAPIJSKIH MOGUĆNOSTI.
