A) dabartiniame R & D projekte mes integruojame genomines pažangiausias technologijas į mokslinių tyrimų programas mokslinių tyrimų dirbtuvėse. Projekto tikslas – užtikrinti, kad mūsų mokslinių tyrimų programos būtų tarptautinės jų kompetencijos srities priešakyje, ir kad dėl įvairių taikomųjų programų ir technologinių pokyčių, įgyvendinamų projekte, mes sukurtume tvarų MTTP centrą; D & I tobulumą. Dabartinė mokslinių tyrimų programa grindžiama laimėjusio GINOP-2.3.3.-15 „Mokslinių tyrimų ir technologijų plėtros infrastruktūros plėtra, pažangiomis technologijomis grindžiamo augalų mokslo žinių ir paslaugų centro plėtra“ (angl. R & Development infrastructure of the plant science knowledge and service Centre based on the Advanced-ed technologies at the Pannonia University). Šiame konkurse, be kita ko, įsigyjamas „Titan MC microarray“ įrenginys, kuriame naudojama „Axiom“ technologija, kuris buvo parduodamas prieš 5 metus ir yra prieinamas tik mūsų institucijoje Vidurio Europos regione iš 18 šalių. „Axiom“ sistema siūlo eksponentiškai platesnę tyrimų paletę nei bet kuri kita mikroarray sistema, o eksperimentinių rezultatų pakartojamumas yra beveik 100 %. Be to, sistema yra pakankamai lanksti, todėl ji taip pat tinka masyvo plėtrai remiantis savo moksliniais tyrimais. Kitas QuantStudio 7 qPCR įrenginys (LifeTechnologies) yra perkamas mūsų infrastruktūros plėtros konkurse, kuris yra dar vienas svarbus šiame projekte atliktų tyrimų elementas. Trečiasis pagrindinis elementas yra Illumina naujos kartos sekos nustatymo technologija, skirta nedideliems mėginių tyrimams, bet ir trumpam didžiausių genomų sekos nustatymui, taigi ir itin lanksčiai sistemai „NextSeq 500 System“, kurią norime įsigyti dabartiniame projekte. Bendras šių trijų aukštųjų technologijų genomikos technologijų prieinamumas užtikrina sudėtingas, lanksčias ir labai plačias bandymų galimybes, kaip nurodyta toliau: 1. Vienoje reakcijoje mes galime išbandyti šimtus mėginių su mikroarray technologija. Mes gauname dešimtis tūkstančių genomų vienam mėginiui. Todėl šis metodas naudojamas tuo pačiu metu greitai aptikti daugelio žinomų genų variantus. Specifinė mėginio kaina yra visos genominės arba transkripcinės sekos dalis. 2. Kiekvienoje mokslinių tyrimų programoje palankiausi ir nepalankiausi genotipai/mėginiai sekami naudojant NextSeq. Čia, pirmame etape, pamatinis genomas yra sukurtas iš vertingiausio tyrimo genotipo, tada atliekama transkriptomo sekos nustatymas tame pačiame genotipe, o darbiniai genai yra lokalizuoti referenciniame genome. Taip pat parengiame nepalankiausio genotipo stenogramą ir apibūdiname šių dviejų genotipų skirtumus. Žinoma, viešose duomenų bazėse esantys pamatiniai genomai bus labai naudingi sudarant pamatinius genomus, pagamintus iš mūsų pačių vertingų genotipų. 3. Genų ir genų variantų, kurie kontroliuoja savybę, kaip apibrėžta ankstesniuose tyrimuose, ekspresijos analizuojamos naudojant qPGR ekspresijos pokyčiams įvairiose vystymosi stadijose, audiniuose ir aplinkai. Šių tyrimų pagalba gali būti interpretuojamas genetinis sudėtingų savybių, tokių kaip biotinis atsakas į stresą, azoto panaudojimo pajėgumas arba tolerancija sausrai, fonas. Tarp mokslinių tyrimų seminarų grupių programų, bulvių atsparumo veisimas, vynmedžių šakniastiebių ir bajorų veisimas, paprikos veisimas, ariamos ilgalaikės eksperimentai ir kiaulių auginimas turi daugiau nei 50 metų istoriją ir turi didelį tarptautinį pripažinimą savo kompetencijos srityje. Jie turi dešimtmečius ir dėl tarptautinio bendradarbiavimo pastaraisiais metais mūsų naminių paukščių pašarų tyrimai vystosi dinamiškai. Nauji moksliniai tyrimai yra mūsų išsami genominės ir technologinės plėtros programa naminių bičių srityje, kurioje taip pat dirbame su partneriais iš Vengrijos ir užsienio. Be to, turime kriaušių, bulvių ir vynuogių genų banką, kuriame yra vertingų genų išteklių, ypač atsparumo genų, kurie yra svarbus žingsnis siekiant, kad mūsų veisimo projektai būtų veiksmingesni. B) R & D užduotys Titan MC platforma (Axiom microarray technologija) pasirodė prieš 5 metus, o NextSeq ir QuantStudio 7 qPCR buvo išleistas prieš 2–3 metus. Mokslinių tyrimų naujovė yra šių 3 aukštųjų technologijų kūrimas viena kitai: mikromatricų technologija apibūdina atskiras bandomąsias medžiagas dideliuose mėginio tyrimuose, tada lyginant NextSeq gautus DNR profilius tiriamoms savybėms palankiausius ir nepalankiausius genotipus ir savybių kontrolę lemiančių genų ekspresijos profilį (vystymosi stadiją, poveikį aplinkai, audinių tipą ir t. t.) tiriama taikant qPGR. Remiantis gautais rezultatais, naujas, specifinis, t. y. savininkas
