A) Pabrėžiame, kad konkurso dalyviai užsibrėžė tikslus prieš dvejus metus, jie kasdien kartu rengia šiuos planus ir gali duoti daug vilčių teikiančių preliminarių rezultatų. Dėl išteklių trūkumo šie rezultatai nėra sistemingi: mes dirbome su keliomis aktyviomis molekulėmis, mažai patogenų ir in vivo bandymų nėra. Šią spragą užpildytų sėkminga paraiška. Mūsų darbo plane yra dvi paprogramės, kurias pristatome ir kuriose išdėstomi preliminarūs rezultatai, planai ir laukiami proveržio rezultatai. 1 paprogramė 1.1. Antibiotikams atsparių padermių AMP (Pįl) testavimas, visiškas genomo sekos nustatymas (Kondorosi) ir bioinformatikos rezultatų analizė (Papp) 1.2 AMP – mažai molekulių antibiotikų deriniai (Pįl, Papp) 1.3 Naujų AMP mimetinių foldamerių sudedamųjų dalių sintezė (Fülöp), sekų perjungimas ir gryninimas (Martinek, Tóth) ir biofizinis apibūdinimas (Martinek) 1.4 AMP mimetinių foldamerių bandymai in vitro ir in vivo (Pįl, Kondorosi) ir toksiškumo bandymai (Földesi) 2 paprogramė. SSB-C foldamer analogų (Martins) gamyba, stabilizavimas šoninės grandinės sąsajomis (Tóth), reikalingų monomerų sintezė (Fülöp) ir in vitro PPI slopinimo bandymai. 2.2 SSB-C Mymetics – struktūrinės charakteristikos Reco-WH sąveikos (Martinek) 2.3 SSB-C analogai optimizuoti dinaminės kovalentinės bibliotekos metodas. Ląstelių skverbties tyrimai (Martin) 2.4 In vitro evoliucijos tyrimai realiuoju laiku, antibakteriniai bandymai (Pįl, Papp), toksiškumo tyrimai (Göldesi). B) 1. PROJEKTO DALIS: Antimikrobiniai peptidai AMP yra trumpi peptidai, turintys skirtingą struktūrą ir funkciją, kurie apsaugo šeimininką nuo įvairių mikrobų infekcijų. Jie randami augaluose, gyvūnuose, grybuose ir yra pirminės apsaugos nuo patogenų sistemos dalis. [Gamta 2002, 415, 389] Nors jie ir toliau buvo veiksmingi, jų praktinis taikymas kelia nemažai problemų, iš kurių dvi yra susijusios su: 1) Šiuo metu yra rimtų diskusijų apie atsparumo šioms molekulėms vystymąsi ir, jei taip, kokį kenksmingą šalutinį poveikį ji gali turėti. [FEMS Microbiol Lett 2012, 330, 81] 2) Kita problema prieš peptidų klinikinį vartojimą yra ta, kad juos kartais sunku vartoti ir absorbuoti, o žmogaus baltymus mažinantys fermentai (proteazės) gali suirti. Jų stabilumas in vivo dažnai yra nepatenkinamas. Mūsų preliminarūs tyrimai rodo, kad šias problemas galima įveikti. Be to, AMP yra ypač veiksmingi prieš daugeliui vaistų atsparias bakterijas. Norėdami tai padaryti, būtina pasirinkti AMP, nuo kurių atsparumas nėra stebimas. Šios molekulės yra tolesnio vystymosi pagrindas: išlaikant pirmiau minėtas palankias struktūrines ir funkcines savybes, mes projektuojame vadinamąsias peptidomimetines foldamer molekules. Mūsų tikslas yra parodyti, kad šių peptidomimetikų derinys su antibiotikais yra išskirtinai veiksmingas kovojant su atsparumu. Preliminarūs rezultatai ir planai: AMP gali užpulti daugeliui vaistų atsparių bakterijų Achilo kulną. Išsamūs grupių, kurioms vadovavo Csaba Pįl, Balįzs Papp ir Éva Kondorosi, genetiniai, biocheminiai, fenotipo tyrimai ir genomo lygio ekspresijos tyrimai patvirtino, kad atsparių bakterijų membranos struktūra, standumas ir membranos baltymų sudėtis dažnai labai pasikeitė. [NAT Commun 2014, 5, 4352; Mol Syst Biol 2013, 9, 700] Kadangi dauguma AMP pagrindinis tikslas yra bakterijų membrana, buvo teigiama, kad atsparumas antibiotikams taip pat veikia jautrumą AMP. Rezultatas buvo netikėtas ir labai įdomus. 90 % daugeliui vaistų atsparių padermių padidėjęs jautrumas daugeliui AMP: palyginti su pradinėmis kontrolinėmis padermėmis, šių padermių jautrumas paprastai padidėjo nuo dviejų iki trijų kartų. Tai rodo, kad dėl atsparumo antibiotikams išsivystymo yra didelių išlaidų, kurias galima išnaudoti kartu vartojant antibiotikus ir AMP. Veiksmingas AMP antibiotikų kombinuotas gydymas. Kitame etape partneriai daugiausia dėmesio skiria dviem pagrindiniams klausimams. Ar yra kokių nors AMP, kurie vartojami kartu su antibiotikais (a) slopina de novo atsparumą in vitro ir b) veiksmingai naikina daugeliui vaistų atsparias bakterijas. Jų tyrimuose daugiausia dėmesio skiriama dviem PRP: NCR335 peptidas ir selfinino peptidų šeima į PGLA. Abiem peptidams 90–100 % daugeliui vaistų atsparių padermių išliko labai jautrios jiems. Preliminarūs rezultatai: a) Tetraciklinas ir ciprofloksacinui atsparios bakterijos tapo jautresnės šiems preparatams, pridedant PGLA prie antibiotikų. Poveikis yra dramatiškas keliais atvejais: jautrumas antibiotikams padidėja 10–50 kartų, vartojant labai mažą (subinhibitorinę) PGLA dozę.
