A Szajna-völgy kivételes természeti örökségnek ad otthont, mind a fajok, mind a terek szempontjából. Párizs kapuitól a szájig a környezetek amultitudeasága fejlődött ki és kölcsönhatásba lépett egymással. Mindegyik élőhelye és faja magas ökológiai értékű, gyakran ritka és veszélyeztetett, és néha egyedi.A Szajna szigetei a lágyvizek rendszereinek részét képezik, és a környezet, amellyel az ember találkozik, észrevehető Normandia számára, de tágabb értelemben az Európai Unió számára. Egyes élőhelyek az élőhelyvédelmi irányelv értelmében védett élőhelynek minősülnek, mint például a rétek, a kolbászok, a sárcsuszamók és a megaphorbia. Ezek a terek számos ritka és veszélyeztetett növény- és állatfajnak adnak otthont, amelyek közül néhány védett. A Szajna-szigetek másrészről számos biodiverzitási tározóval rendelkezik (vízi, nedves és erdős), amelyeket több altrahoz tartozó ökológiai folyosók kötnek össze.