Prahan innovatiivisille hankkeille myöntämän setelin tavoitteena on tukea tutkimusalan ja innovaatioalan alojen välistä yhteistyötä. Hankkeen erityistavoitteena on a) edistää kahden kumppanin ensimmäistä yhteistyötä; edistää aiemmin yhteistyötä tehneiden kumppanien yhteistyötä. Tavoite saavutetaan julkaisemalla Prahan arvoseteliä koskevat ehdotuspyynnöt innovatiivisiin hankkeisiin, joiden kautta hakija tukee pk-yrityksiä tutkimusorganisaatioiden palvelujen ostamisessa.