Isäntätiimimme EA2656, GRAM 2.0 (sotilassovittelun tutkimusryhmä) on ainutlaatuinen tiimi, bi-site cotutal välillä yliopistojen Caen ja Rouen. Hän on osa Federaation Hospitalo-Universitaire (FeNOMIH), joka kokoaa yhteen palvelut bakteriologia, virologia, parasitologia/mykologia, sairaalahygienia ja infektiot CHUs Caen ja Rouen. GRAM 2.0 -ryhmässä on kaksi kansallista tartuntatautien vertailukeskusta (lihakset/mumps/rubella, HIV). Sen vuoksi sillä on monia voimavaroja, joiden avulla se voi tehokkaasti saavuttaa DynaMic-H-hankkeen tavoitteet. Lisätään näihin resursseihin, että tähän hankkeeseen integroidaan UFR Santé of Caenin ja Rouenin yleislääketieteen osastot, jotka osallistuvat perusterveydenhuollon näytteenottoon ja tiedonkeruuseen. Se on terveydenhuollon ammattilaisten verkosto, joka on yhteydessä väestöön, erittäin arvokas kuvaamaan patogeenin hankinnan kontekstia perusterveydenhuollossa. DynaMic-H-hanke perustuu integratiiviseen lähestymistapaan tarttuvaan patologiaan, jossa otetaan huomioon mikrobien tasapainon muutosten dynamiikan vaikutus. Nämä mikrobilajien yhteisöt kolonisoivat organismimme koko elämän ajan. Ne vaikuttavat merkittävästi fysiologiseen toimintaan, erityisesti immuuni-, aineenvaihdunta- ja neurokognitiivisiin järjestelmiin. Tässä tutkimushankkeessa keskitytään ihmisen mikrobiomeihin (tai mikrobioottiin), joka määritellään organismimme eri osastoissa tai ekologisissa markkinaraoissa esiintyvinä bakteereina, viruksina, sieninä ja muina mikro-organismeina. DynaMic-H-hankkeen tavoitteena on tutkia mikrobiomassaa ja niiden vuorovaikutusta virus- ja bakteeri-infektioiden kanssa. GRAM 2.0 -jäsenten asiantuntemuksen vuoksi pääkomponentti on suun nielun hengitysteiden mikrobiomi, ja siihen sisältyy myös kaksi pilottitutkimusta, joissa on mukana suolistoosasto ja virtsa- ja emätinosasto. Näytteet valitaan ja valmistetaan korkean debitin metatranscriptomiseen sekvensointiin ilman ennalta optimoitua sekasekvenssiä (pitkät sekvenssit ja lyhyt Nanopore- ja Illumina-teknologia), jotka mahdollistavat mikrobigeenien runsauden ja toiminnallisen ilmentymisen bioinformatiikan analyysin. Suurivirtaisten tietojen monimuuttuja-analyysissa yksilöidään testattuihin muuttujiin liittyvät profiilit. Ne perustuvat bioinformatiikkaputkistoihin, jotka on kehitetty ja jotka ovat jo saatavilla, mukautettuihin paikallisesti saatavilla oleviin tietojenkäsittely- ja varastointivalmiuksiin sekä jo saatavilla olevaan transkriptomiikkaan ja pilottihankkeiden ja yhteistyökumppanien (meta)genomiikkaan.
