Κύριος στόχος είναι να εξασφαλιστεί η ομαλή και αποτελεσματική εφαρμογή των επιχειρησιακών προγραμμάτων: POIG, POKL και POPC. Η POPT παρέχει οικονομικούς πόρους για τον χειρισμό των διαδικασιών στον τομέα της προετοιμασίας, της διαχείρισης, της εφαρμογής, της παρακολούθησης, της αξιολόγησης και του ελέγχου της εφαρμογής, καθώς και για την ενημέρωση και την προώθηση των προγραμμάτων της Ένωσης.