Στόχος του κουπονιού της Πράγας για καινοτόμα έργα είναι η στήριξη της διατομεακής συνεργασίας του τομέα της έρευνας και του τομέα της καινοτομίας. Οι ειδικοί στόχοι του σχεδίου είναι α) η προώθηση της πρώτης συνεργασίας συγκεκριμένων δύο εταίρων· προώθηση της επακόλουθης συνεργασίας των πρώην συνεργασθέντων εταίρων. Ο στόχος θα επιτευχθεί με την ανακοίνωση προσκλήσεων υποβολής προσφορών για το κουπόνι της Πράγας για καινοτόμα έργα, μέσω του οποίου ο αιτών θα παρέχει στήριξη σε ΜΜΕ για την αγορά υπηρεσιών από ερευνητικούς οργανισμούς.