Το ISE στοχεύει στον εντοπισμό των ΜΜΕ που χρειάζονται επιπλέον αξία και στην επιτάχυνση της καινοτομίας μέσω της διευκόλυνσης των διασυνοριακών συνδέσεων, των συνεργασιών και της μεταφοράς τεχνολογίας με άλλες ΜΜΕ, ινστιτούτα γνώσης και εμπειρογνώμονες. Το έργο έχει ως στόχο να προσφέρει δύο κύριες πορείες υποστήριξης: «εισαγωγή της καινοτομίας» (WP1) σε ορισμένους τομείς προτεραιότητας και «επώαση και ομαδοποίηση της καινοτομίας» (WP2 &3) μεταξύ των ΜΜΕ με αναπτυξιακό δυναμικό από τομείς που επισημαίνονται στις περιφερειακές στρατηγικές S3. Πολλές περιφέρειες-εταίροι είναι «ακολούθοι της καινοτομίας». Η ISE θα αυξήσει τον αριθμό των ΜΜΕ που καινοτομούν και προωθούν καινοτομίες σε νέες αγορές.