Η επιτυχία της δημιουργίας μιας διεπιστημονικής ερευνητικής ομάδας μέσω του έργου MarGen παρακολουθείται στο MarGen II. Το επίκεντρο είναι τώρα η έρευνα και η καινοτομία προς όφελος της επιχειρηματικής κοινότητας. Το έργο θα συνεχίσει να αντιμετωπίζει ορισμένες προκλήσεις για τη βιομηχανία που σχετίζονται με τη γαλάζια βιοοικονομία στην περιοχή. Σε αυτές περιλαμβάνονται η βελτίωση των διαδικασιών αναπαραγωγής για τα ψάρια και τα οστρακοειδή, ο εντοπισμός νέων πόρων με δυνατότητες αναπαραγωγής και αναπαραγωγής, η βελτίωση της βάσης των πόρων για την ερασιτεχνική και επαγγελματική αλιεία και η μελέτη των αλληλεπιδράσεων μεταξύ άγριων και εκτρεφόμενων αποθεμάτων. Τα επιτευχθέντα αποτελέσματα πρέπει να συνδέονται με την επιχειρηματική κοινότητα. Το έργο επιθυμεί επίσης να είναι σε θέση να περιγράψει καλύτερα τη βιοποικιλότητα στην περιοχή και να κατανοήσει καλύτερα τους εξωτερικούς παράγοντες που μπορούν να επηρεάσουν αυτό, για παράδειγμα, τις μεταβαλλόμενες μεταναστευτικές συνήθειες ως αποτέλεσμα των κλιματικών επιπτώσεων ή της αλιείας. Αυτό θα γίνει μέσω μελετών του γονιδιώματος, των τεχνικών επισήμανσης, της ανάπτυξης βιολογικών δεικτών που μπορούν να ανιχνεύσουν την ιστορία της ζωής και της ωκεανογραφικής μοντελοποίησης. Υπάρχει τώρα μεγάλη αισιοδοξία μεταξύ των επιχειρήσεων και των επιχειρηματιών που επενδύουν σε βιώσιμες πρώτες ύλες από τη θάλασσα, αλλά και απογοητευτικές για τους κανονισμούς και τη γραφειοκρατία. Το Margen II στοχεύει στην αύξηση του επιπέδου γνώσης μεταξύ των επιχειρηματιών, αλλά και μεταξύ των αρχών και των πολιτικών, για την καλύτερη και ευκολότερη ανάπτυξη των επιχειρήσεων.