Flodkräftan har från år 2000 till år 2010 flyttats från hotkategori SÅRBAR until akut hotad på den svenska Rödlistan. På norska Rödlistan är Flodkräfta klassad som starkt hotad. ETT av de största idag kända hoten mot arten utgörs av illegala utsättningar av den nordamerikanska signalkräftan. Signalkräftan är en så kallad vektor för svampsjukdomen kräftpest, en sjukdom som signalkräftan har evolutionära anpassningar för att att överleva men som obönhörligen dödar samtade flodkräftor. Under senare år har man inom arbetet med flodkräftor iåde Sverige och Norge att flera tidigare starka bestånd av flodkräftor minskat betydligt i populationstorlek och att dessa har svårt att återgå till tidigare nivåer trots att ingen pestsmitta eller annan vattenkemisk analys kan förklara problemen förssa svaga bestånd. För att skapa möjligheter att bevara flodkräftan i både svenska och norska vatten behöver åtgärder sättas in. Befintliga metoder för förhindra spridning av signalkräftor och kräftpest behöver vidareutvecklas och kompletteras med nya effektiva metoder. Man behöver också samla kunskap och undersöka orsaker until svaga bestånd av flodkräftor där man tidigare haft starka flodkräftbestånd och där orsaken until minskningen inte är kräftpest eller försurning. Projektet ska förbättra förhållanden och minska de regionala hoten fördkräftan samt bekämpa signalkräfta och kräftpest. Genom projektets insatser, bl.a. en gränsöverskridande handlingsplan, möjliggörs på siktre en bättre förvaltning och ett effektivare bevarandearbete av hotade sötvattenskräftor.