Η βιοποικιλότητα επηρεάζεται έντονα από ανθρωπογενείς δραστηριότητες που προκαλούν αλλαγές στη λειτουργία των οικοτόπων μας (εισαγωγή χωροκατακτητικών ειδών, κατακερματισμός της διαμήκους ή πλευρικής συνέχειας των ποταμών). Η Ομοσπονδία πραγματοποιεί δράσεις για την απόκτηση δεικτών για τη βελτίωση της γνώσης των απειλούμενων ειδών και οικοτόπων, συμβάλλοντας παράλληλα στην αποκατάσταση των υποβαθμισμένων υγροτόπων και στην οικολογική συνέχεια των υδατορρευμάτων μας. Η υλοποίηση ενός τέτοιου έργου είναι δυνατή μόνο μέσω της ευαισθητοποίησης του μεγαλύτερου αριθμού ανθρώπων σχετικά με την ευθραυστότητα του περιβάλλοντός μας και της εμψύχωσης ενός δικτύου φορέων (θεσμικών και διευθυντικών στελεχών).