Στόχος του έργου είναι η θωράκιση των περιοχών του δικτύου Natura 2000 μέσω της θεσμοθέτησής τους ως προστατευόμενων, με την έκδοση Προεδρικών Διαταγμάτων (ΠΔ).Σύμφωνα με την εθνική νομοθεσία, για τη θεσμοθέτηση και τη διαχείριση μίας προστατευόμενης περιοχής απαιτείται πρώτα η σύνταξη Ειδικής Περιβαλλοντικής Μελέτης (ΕΠΜ), βάσει της οποίας θα συνταχθεί ένα ΠΔ, τους όρους του οποίου θα εξειδικεύσει στη συνέχεια ένα Σχέδιο Διαχείρισης (ΣΔ).Στο πλαίσιο του παρόντος έργου θα γίνουν οι απαραίτητες ΕΠΜ, τα ΠΔ και τα ΣΔ των περιοχών Natura της χώρας (στις 11 Περιφέρειες), ώστε να εφαρμοστεί η εθνική νομοθεσία και να γίνει ουσιαστική προστασία και διαχείρισή τους.