Στόχος της Ελληνικής Τελωνειακής Υπηρεσίας είναι η διευκόλυνση του νόμιμου εμπορίου και η προώθηση της επιχειρηματικότητας με την ταυτόχρονη εφαρμογή του κατάλληλου επιπέδου ελέγχων που απαιτούνται για την ασφάλεια των πολιτών και την προστασία της δημόσιας υγείας, του περιβάλλοντος και των οικονομικών συμφερόντων τόσο της χώρας όσο και της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Η τεχνολογία και ο εξοπλισμός είναι ακρογωνιαίοι λίθοι που επιτρέπουν στις σύγχρονες τελωνειακές διοικήσεις να αντιμετωπίσουν τις ταχέως μεταβαλλόμενες προκλήσεις του επιχειρησιακού περιβάλλοντος του 21ου αιώνα. Η χρήση σύγχρονων μέσων δίωξης αποτελεί ένα ισχυρό εργαλείο για την αποτελεσματική προστασία των οικονομικών συμφερόντων της χώρας και την προστασία από το παράνομο εμπόριο, υποστηρίζοντας παράλληλα τη νόμιμη επιχειρηματική δραστηριότητα, την προστασία της δημόσιας υγείας και ασφάλειας.