Projekt řeší mzdové zajištění administrativních kapacit Centra. Pro jednotlivé roky se počítá s 14 přepočítanými úvazky, tzn. 4 úvazky pracovníků IT + 10 úvazků pro pracovníky, kteří budou vykonávat koordinační činnosti pro potřeby výkonu kontroly u programů Evropské územní spolupráce. A dále s 17 PPÚ za zaměstnance, zajišťující činnosti horizontálně pro více Operačních programů, kteří nemohou být hrazení z TP jednoho OP. Počítá se také s výdaji na DPČ a DPP.