Cílem ISE je identifikovat malé a střední podniky, které potřebují vytvářet přidanou hodnotu, a urychlit inovace prostřednictvím usnadnění přeshraničních spojení, spolupráce a přenosu technologií s ostatními malými a středními podniky, znalostními instituty a odborníky. Cílem projektu je dosáhnout dvou hlavních podpůrných trajektorií: „zavedení inovací“ (WP1) do řady prioritních odvětví a „inkubace a klastrování inovací“ (WP2 &3) mezi malými a středními podniky s růstovým potenciálem odvětví zdůrazněných v regionálních strategiích S3. Mnoho partnerských regionů je „následovatelé inovací“. ISE zvýší počet malých a středních podniků, které inovují a přenášejí inovace na nové trhy.