Hlavní výzvou v Podunají je nalezení správné rovnováhy mezi ochranou, ochranou a zlepšováním ekosystémů, jakož i jejich udržitelným využíváním. ECO KARST řeší 7 chráněných krasových oblastí v 7 různých zemích se společnými rysy (např. zvláštní biologické/hydromorfologické rysy atd.) a podobné problémy (obhospodařování přírody a lesů, využívání vody a znečištění atd.). Omezená schopnost vypořádat se s dopady degradace ekosystémů je zhoršována nedostatkem odpovídajících znalostí a opatření týkajících se hmotných a nehmotných přínosů ekosystémových služeb (ES). Hlavním cílem je tedy přispět k ochraně a udržitelnému rozvoji krasových bioregionů v povodí Dunaje na základě jejich hodnotného ES. Projekt ECO KARST vychází z možnosti využít přírodní dědictví 7 chráněných oblastí jako faktor hospodářského rozvoje, který je založen na udržitelném řízení, které si je vědomo zranitelnosti krasových ekosystémů, významu jejich ES a skutečných příležitostí pro biologickou rozmanitost (PBB). ECO KARST bude zahrnovat různé veřejné a soukromé subjekty, které budou prostřednictvím budování kapacit, vytváření sítí a přenosu know-how provádět místní participativní ES valorizace a společně vypracovat 7 místních akčních plánů a 1 společnou strategii, která zlepší ochranu přírody a usnadní zahájení PBB v Podunají. Výsledkem bude lepší řízení a udržitelný rozvoj krasových bioregionů díky zvýšenému povědomí o ES a zvýšenému počtu oddaných podnikatelů PBB. ECO KARST představí PBB jako realistický a slibný nový obchodní model pro podnikatele v pilotních oblastech (nejlepší nápady PBB budou široce podporovány). PP, klíčové zúčastněné strany a cílové skupiny vytvoří/zvýší svou spolupráci a vytvoří nové místní a nadnárodní sítě pro sdílení a propagaci zkušeností. Výsledné pokyny, jak zavést ES a PBB, budou sloužit jako soubor nástrojů pro celý dunajský a dinárský region.