Projekt správy operačního programu je určen k zajištění efektivní správy strukturálních fondů EU. Tento projekt počítá s financováním výdajů souvisejících s výkonem funkcí správy strukturálních fondů EU svěřených Ministerstvu životního prostředí, jak je stanoveno v Pravidlech pro správu technické pomoci schváleným vyhláškou ministra financí č. 1K-337 ze dne 28. října 2014, kterou se schvalují Pravidla pro správu technické pomoci.