Náš hostingový tým EA2656, GRAM 2.0 (Military Adaptation Research Group) je unikátní tým, bi-site v cotutal mezi univerzitami Caen a Rouen. Je součástí Federace Hospitalo-Universitaire (FeNOMIH) spojující služby bakteriologie, virologie, parazitologie/mykologie, nemocniční hygieny a infekce CHU Caen a Rouen. Tým GRAM 2.0 má 2 národní referenční střediska pro přenosná onemocnění (spalničky/mumpy/rubella, HIV). Má proto mnoho prostředků k účinnému splnění cílů projektu DynaMic-H. Přidat k těmto aktivům začlenění do tohoto projektu odborů všeobecného lékařství UFR Santé Caen a Rouen, které se podílejí na odběru vzorků a sběru dat v primární péči. Jedná se o síť zdravotnických pracovníků v kontaktu s obecnou populací, velmi cenná pro popis kontextu získávání patogenů v primární péči.Projekt DynaMic-H staví na integračním přístupu k infekční patologii s přihlédnutím k vlivu dynamiky změn v rovnováze mikrobiomů. Tyto komunity mikrobiálních druhů kolonizují náš organismus po celý život. Významně interagují s našimi fyziologickými aktivitami, zejména s imunitními, metabolickými a neurokognitivními systémy.Tento výzkumný projekt se zaměřuje na lidský mikrobiom (nebo mikrobiotu), který je definován jako všechny bakterie, viry, houby a další mikroorganismy přítomné v různých odděleních nebo ekologických výklenek našeho organismu. Cílem projektu DynaMic-H je studovat mikrobioma a jejich interakce s virovými a bakteriálními infekcemi. Vzhledem k odborným znalostem členů GRAM 2.0 je hlavní složkou orofaryngeální respirační mikrobiom a zahrnuje také dvě pilotní studie zahrnující enterickou složku a močový/vaginální oddíl.Vzorky budou vybrány a připraveny pro vysokodebetní meta-transkriptomické sekvenování bez předem optimalizované smíšené optimalizované (dlouhé sekvence a krátká technologie Nanopore a Illumina) umožňující bioinformatickou analýzu hojnosti a funkční exprese mikrobiálních genů. Vícerozměrné analýzy dat s vysokým průtokem identifikují profily spojené s testovanými proměnnými. Budou založeny na bioinformatických ropovodech vyvinutých a již dostupných, přizpůsobených výpočetních a skladovacích kapacitách, které jsou k dispozici na místní úrovni, a již dostupné transkriptomice a (meta)genomiky pilotních projektů a spolupracovníků.