I KDYŽ MÁME ŠIROKOU ŠKÁLU POSTUPŮ PRO KATALOGIZACI TAXONŮ, GENŮ A FUNKCÍ LIDSKÉHO MIKROBIOMU VE ZDRAVOTNÍCH A NEMOCÍCH, STÁLE NEMŮŽEME REAGOVAT NA SKUTEČNOST, ŽE SE JEDNÁ O STABILNÍ MIKROBIOTU. NAPŘÍKLAD STŘEVNÍ MIKROBIOTA SE ROZVÍJÍ V PRŮBĚHU VÝVOJE JEDINCE A JEJÍ SLOŽENÍ A FUNKCE SE LIŠÍ V ZÁVISLOSTI NA VĚKU. POJEM „STABILITA“ PŘEDPOKLÁDÁ MYŠLENKU, ŽE SE MIKROBIÁLNÍ SPOLEČENSTVÍ V DŮSLEDKU NARUŠENÍ VRACÍ KE SVÉ PŮVODNÍ SITUACI, POKUD JDE O SLOŽENÍ (ODOLNOST) NEBO FUNKCI (FUNKČNÍ REDUNDANCE), KDYŽ RUŠIVÝ FAKTOR ZMIZÍ. MĚLI BYCHOM PAK DOSPĚT K ZÁVĚRU, ŽE STŘEVNÍ MIKROBIOTA ZDRAVÉHO DÍTĚTE NENÍ STABILNÍ VE SROVNÁNÍ SE ZDRAVÝM DOSPĚLÝM? PROČ? PROČ? OTÁZKU STABILITY LZE ROVNĚŽ ŘEŠIT Z HLEDISKA DŮLEŽITÉHO RUŠIVÉHO ČINITELE STŘEVNÍ MIKROBIOTY: ANTIBIOTIKA. JEHO PŮSOBENÍ MĚNÍ SLOŽENÍ A FUNKCI MIKROBIOTY, KTERÁ OBVYKLE KONČÍ V ČÁSTEČNÉ ODOLNOSTI A FUNKČNÍ REDUNDANCI PO VYMIZENÍ LÉČBY. STABILITU VŠAK MŮŽE BÝT NARUŠENA PŘÍTOMNOSTÍ CLOSTRIDIUM DIFFICILE PŘI NĚKTERÝCH PŘÍLEŽITOSTECH. V TOMTO PROJEKTU SE ZAMĚŘUJEME NA OTÁZKU ČASOVÉ STABILITY STŘEVNÍ MIKROBIOTY V PRŮBĚHU VÝVOJE I V RÁMCI LÉČBY ANTIBIOTIKY NEBO PŘI VÝSKYTU C. DIFFICILE. OSVĚTLÍME UPLATNĚNÍM NOVÉ METODY HODNOCENÍ STABILITY MIKROBIOTY VYVINUTÉ VE SKUPINĚ, JAKOŽ I STANOVENÍM SLOŽENÍ (METAGENOMA) A FUNKCE (METATRANSCRIPTOMA A METABOLOMA) STŘEVNÍ MIKROBIOTY A JEJÍ INTERAKCE S VIROMA, MECHANISMŮ, KTERÉ PODPORUJÍ ODOLNOST A FUNKČNÍ REDUNDANCI, KONKRÉTNĚ V BAYESIAN A SOUBĚŽNÝCH SÍTÍCH IDENTIFIKUJÍCÍCH TAXONY, FUNKCE NEBO CESTY, KTERÉ SE MĚNÍ V PRŮBĚHU VÝVOJE NEBO KTERÉ NÁS CHRÁNÍ PŘED HROMADĚNÍM GENŮ REZISTENCE U NOSIČŮ BAKTERIÍ.