PATOGENY REZISTENTNÍ VŮČI ANTIBIOTIKŮM, JAKO JE ENTEROCOCO-VANKOMYCIN-REZISTENTNÍ (REV), JSOU STÁLE VĚTŠÍM PROBLÉMEM U HOSPITALIZOVANÝCH PACIENTŮ A ČASTO ZPŮSOBUJÍ INFEKCE PO LÉČBĚ ANTIBIOTIKY. INFEKCE ERV OBVYKLE ZAČÍNAJÍ VE STŘEVĚ. ZA NORMÁLNÍCH PODMÍNEK JE NAŠE STŘEVO KOLONIZOVÁNO STOVKAMI KOMMENÁLNÍCH BAKTERIÍ, MIKROBIOTY, KTERÁ INHIBUJE STŘEVNÍ KOLONIZACI VRE, KTERÁ SE NAZÝVÁ „KOLONIZAČNÍ REZISTENCE“ (CR). NAOPAK PODÁVÁNÍ ANTIBIOTIK MĚNÍ SLOŽENÍ MIKROBIOTY, KTERÁ UMOŽŇUJE VRE KOLONIZOVAT STŘEVO A POTÉ SE ŠÍŘIT DO KRVE, KDE MŮŽE OHROZIT ŽIVOT PACIENTA. PROTO JE ZÁSADNÍ POCHOPIT, JAK A CO ČLENOVÉ MIKROBIOTY PROPŮJČUJÍ CR A JAK ANTIBIOTIKA PODPORUJÍ INFEKCI, POKUD CHCEME ZABRÁNIT INFEKCÍM VRE. KVŮLI ABSENCI TECHNIK PRO ANALÝZU MIKROBIOTY JE VŠAK OBTÍŽNÉ STUDOVAT TUTO KLINICKY RELEVANTNÍ OBLAST. NAŠTĚSTÍ NOVÉ METODY SEKVENOVÁNÍ HMOTNOSTI NYNÍ UMOŽŇUJÍ PODROBNÉ STUDIUM MIKROBIOTY A JEJÍCH GENŮ (MIKROBIOMU). NAŠE SKUPINA JE PRŮKOPNÍKEM TÉTO NOVÉ METODIKY PRO IDENTIFIKACI MIKROBIOTOVÝCH ZMĚN, KTERÉ PODPORUJÍ KOLONIZACI VRE A IDENTIFIKUJÍ TY BAKTERIÁLNÍ DRUHY, KTERÉ PROPŮJČUJÍ ČR. PROKÁZALI JSME, ŽE ODSTRANĚNÍ URČITÝCH BAKTERIÍ Z MIKROBIOTY, VČETNĚ BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, ZVYŠUJE RIZIKO INFEKCE. REKONSTITUCE MYŠÍ LÉČENÝCH ANTIBIOTIKY TĚMITO BAKTERIEMI NAVÍC VÝRAZNĚ SNIŽUJE KOLONIZACI POMOCÍ VRE. POTÉ, CO BYLY IDENTIFIKOVÁNY SPECIFICKÉ BAKTERIE MIKROBIOTY, KTERÉ PODPORUJÍ ČR, NAVRHUJEME V TOMTO PROJEKTU URČIT MECHANISMY, KTERÝMI TYTO BAKTERIE POSKYTUJÍ OCHRANU. NAŠE PUBLIKOVANÉ VÝSLEDKY UKAZUJÍ, ŽE MIKROBIOTA PROPŮJČUJE CR V NEPŘÍTOMNOSTI ZÁKLADNÍCH SLOŽEK IMUNITNÍHO SYSTÉMU. PROTO SE V TOMTO PROJEKTU ZAMĚŘÍME NA URČENÍ MECHANISMŮ, KTERÝMI MIKROBIOTA PŘÍMO PROPŮJČUJE REZISTENCI (KOMPLIKACE ŽIVINAMI, VÝROBA INHIBIČNÍCH LÁTEK). K DOSAŽENÍ TOHOTO CÍLE NEJPRVE DEFINUJEME ŽIVINY POUŽÍVANÉ PATOGENEM A OCHRANNÝMI BAKTERIEMI (BPS) VE STŘEVĚ MYŠÍ. K TOMU POUŽIJEME OMICKÉ TECHNIKY (METAGENOMICA A METATRANSCRIPTOMICA) K IDENTIFIKACI GENŮ EXPRIMOVANÝCH K ZÍSKÁNÍ ŽIVIN IN VIVO A METABOLOMICKÝCH TECHNIK K IDENTIFIKACI ŽIVIN, KTERÉ PO KOLONIZACI IN VIVO PO KOLONIZACI IN VIVO NEBO BPS SNÍŽILY. KROMĚ TOHO IDENTIFIKUJEME IN VITRO „PAPRSKY“ ŽIVINY, KTERÉ JSOU NEZBYTNÉ PRO RŮST VRE, A POMOCÍ TECHNIKY IDENTIFIKACE MUTANTŮ PROVEDENÍM IN VIVO IDENTIFIKUJEME GENY, KTERÉ VRE POTŘEBUJE K KOLONIZACI STŘEVA A ZÍSKÁNÍ ŽIVIN. JAKMILE BUDOU DEFINOVÁNY STRATEGIE POUŽÍVANÉ VRE A BPS K VYUŽÍVÁNÍ ŽIVIN, TESTY IN VITRO A IN VIVO COMPETICION BUDOU DEMONSTROVAT ROLI SOUTĚŽE O ŽIVINY V ČR VERSUS VRE. NA DRUHÉ STRANĚ, OMOVÉ PROFILY IN VIVO IDENTIFIKUJÍ MOŽNÉ MOLEKULY INHIBITORŮ, KTERÉ BUDOU TESTOVÁNY V TESTECH INHIBICE RŮSTU, ABY BYLO MOŽNÉ DEFINOVAT ROLI TĚCHTO MOLEKUL V ČR. INFORMACE ZÍSKANÉ V TOMTO PROJEKTU POVEDOU K NOVÝM LÉČEBNÝM STRATEGIÍM PRO BOJ PROTI INFEKCÍM ERV, COŽ JE PATOGEN, KTERÝ ZÍSKÁVÁ REZISTENCI VŮČI NĚKOLIKA LÉČEBNÝM MOŽNOSTEM, KTERÉ JSOU K DISPOZICI.
