Ministerstvo financí Slovenské republiky bylo schváleno usnesením vlády č. 318/2013 jako certifikační orgán pro operační programy programového období 2014–2020 financované z Evropského fondu pro regionální rozvoj, Evropského sociálního fondu, Fondu soudržnosti a Evropského námořního a rybářského fondu, včetně programů cíle Evropská územní spolupráce, v němž Slovensko plní úlohu řídicího orgánu. Certifikační orgán plní úlohu subjektu pověřeného koordinací a řízením subjektů zapojených do systému finančního řízení, sestavováním účtů, vypracováváním žádostí o platbu a jejich předkládáním Evropské komisi, přijímáním plateb od Evropské komise, zúčtováním finančních vztahů (zejména v případě nesrovnalostí a finančních oprav) s Evropskou komisí a na vnitrostátní úrovni, jakož i prováděním plateb na jednotlivé programy. Tento projekt je zaměřen na financování nákladů práce na správní kapacitu, jejímž úkolem je zajistit kvalitní výkon funkcí certifikačního subjektu.