ISE mērķis ir apzināt MVU, kuriem ir jārada papildu vērtība, un paātrināt inovāciju, atvieglojot pārrobežu savienojumus, sadarbību un tehnoloģiju pārnesi ar citiem MVU, zināšanu institūtiem un ekspertiem. Projekta mērķis ir nodrošināt divas galvenās atbalsta trajektorijas: “inovācijas ieviešana” (WP1) vairākās prioritārās nozarēs un “inovācijas inkubēšana un klasteru veidošana” (WP2 un 3) to MVU vidū, kuriem ir izaugsmes potenciāls no nozarēm, kas izceltas reģionālajās S3 stratēģijās. Daudzi partnerreģioni ir “inovācijas sekotāji”. ISE palielinās to MVU skaitu, kuri ievieš jauninājumus un ievieš jauninājumus jaunos tirgos.