Mūsu hostinga komanda EA2656, GRAM 2.0 (Military Adaptation Research Group) ir unikāla komanda, bi-site in cotutal starp universitātēm Caen un Rouen. Viņa ir daļa no federācijas Hospitalo-Universitaire (FeNOMIH), kas apvieno CHU Caen un Rouen bakterioloģijas, viroloģijas, parazitoloģijas/mikoloģijas, slimnīcu higiēnas un infekcioloģijas pakalpojumus. GRAM 2.0 komandā ir 2 Nacionālie references centri transmisīvajām slimībām (masalas/cūciņi/rubellas, HIV). Tāpēc tai ir daudz aktīvu, lai efektīvi sasniegtu DynaMic-H projekta mērķus. Pievienot šiem aktīviem integrāciju šajā projektā vispārējās medicīnas departamentu UFR Santé of Caen un Rouen, kas iesaistīti paraugu ņemšanu un datu vākšanu primārajā aprūpē. Tas ir veselības aprūpes speciālistu tīkls kontaktā ar iedzīvotājiem, kas ir ļoti vērtīgi, lai aprakstītu patogēnu iegūšanas kontekstu primārajā aprūpē. DynaMic-H projekts balstās uz integrētu pieeju infekcijas patoloģijai, ņemot vērā mikrobiomu līdzsvara izmaiņu dinamikas ietekmi. Šīs mikrobu sugu kopienas kolonizē mūsu organismu visu mūžu. Tie būtiski mijiedarbojas ar mūsu fizioloģiskajām aktivitātēm, jo īpaši ar imūnajām, vielmaiņas un neiro-kognitīvajām sistēmām. Šis pētniecības projekts koncentrējas uz cilvēka mikrobiomu (vai mikrobiotu), kas ir definēts kā visas baktērijas, vīrusi, sēnītes un citi mikroorganismi, kas atrodas dažādos nodalījumos vai ekoloģiskās nišās mūsu organismā. DynaMic-H projekta mērķis ir pētīt mikrobiomas un to mijiedarbību ar vīrusu un baktēriju infekcijām. GRAM 2.0 dalībnieku kompetences jomu dēļ galvenā sastāvdaļa ir orofaringeālā elpošanas mikrobioma un ietver arī divus izmēģinājuma pētījumus, iesaistot zarnu nodalījumu un urīna/maksts nodalījumu. Paraugi tiks atlasīti un sagatavoti metatranskriptomijas sekvencēšanai ar augstu debetu bez a priori optimizētas jauktas optimizētas (attiecīgi ilgstošas sekvences un īsa Nanopore un Illumina tehnoloģija), kas ļaus bioinformātikas analīzē analizēt mikrobu gēnu pārpilnību un funkcionālo ekspresiju. Ar pārbaudītajiem mainīgajiem mainīgajiem lielumiem tiks identificēti ar pārbaudītajiem mainīgajiem lielumiem saistītie profili. To pamatā būs bioinformātikas cauruļvadi, kas izstrādāti un jau ir pieejami, pielāgotas skaitļošanas un uzglabāšanas iespējas, kas pieejamas vietējā līmenī, un jau pieejamie izmēģinājuma projektu un sadarbības partneru transkriptomika un (meta)ģeonomika.
